Після закінчення навчання в коледжі Лара Крофт відправляється в експедицію до островів біля берегів Японії в Трикутник Дракона, який вважається протилежністю Бермудського трикутника. Через три дні корабель потрапляє в шторм, і буря розламує судно на дві половини, відокремлюючи Лару від решти команди. Протагонистка потрапляє на таємничий острів Яматай, в прибережній зоні якого спочивають стародавні кораблі вікінгів, бомбардувальники B-25, галеони XVII століття і військові катери 1940-х.
Її підвішують догори ногами в печері і залишають, порахувавши загиблої. Звільнившись, вона зустрічає аборигена, який намагається її вбити. У підсумку протагонистка вибирається з печери, а переслідувач виявляється завалений купою каменів. Лара досліджує острів у пошуках тих, що вижили після аварії корабля. Поступово просуваючись вглиб острова, вона виявляє сумку Сем, в якій знаходиться відеокамера і рація. Сховавшись від проливного дощу під скелею, Крофт розпалює багаття і зігрівається. По рації від капітана вона дізнається, що інші члени команди йдуть до стародавніх руїн. По дорозі туди Лара зустрічає свою подругу Сем і дивного людини по імені Матіас, який стверджує, що він належить до групи тих, що вижили. Присівши біля багаття, Крофт засинає. Прокинувшись, вона виявляє, що її супутники зникли. Протагонистка зустрічається з приспіла командою. Після, розділившись на два загони, вони вирішують розвідати місцевість і знайти Саманту і капітана.
Обстежити руїни Лара відправляється з доктором Уитменом. Він, вивчивши деякі малюнки, передбачає, що місцеві жителі колись поклонялися японської обожнюваної цариці Пимико, яка має контроль над силами природи. Із засідки на них нападають тубільці, які розмовляють між собою російською мовою. Вітмен здається, їх полонять і приводять в табір Падальщики, в якому знаходяться деякі члени команди. Один з ув’язнених намагається здійснити втечу, але його вбивають. Коли бандити відволіклися, пов’язаної Крофт вдається втекти. Володимир намагається її зупинити і зґвалтувати. Зробивши зусилля, Лара відбирає у нього пістолет і стріляє переслідувачу у голову
